Este templo consagrado en el año 1174 por el obispo de Zaragoza Pedro Tarroja. Se trata de una iglesia-fortaleza, perteneciente al estilo románico, aunque con rasgos de transición hacia el gótico. El material de construcción es piedra sillar arenisca.

De las dos portadas, sólo la portada sur conserva el estilo románico original, con reminiscencias cistercienses. En ésta puede observar la sucesión de arquivoltas y columnas adosadas, todas ellas decoradas con elementos geométricos y ornamentos florales. En el tímpano, el crismón aragonés cargado sobre un arco escarzado de época barroca. En este mismo lado sur observará el hueco de un antiguo sarcófago, el cual tiene en lo alto el ejemplo más antiguo del escudo de la villa de Ejea de los Caballeros.

La portada oeste está muy modificada por una readaptación hecha entre 1649 y 1650, que afectó también a la torre-campanario. La composición y estructura de esta portada pertenece al barroco. Destacan los testimonios esculpidos de los dos escudos básicos de Ejea: el de la banda (el más antiguo) y el del caballero.

En cuanto al interior, lo constituye una nave única, cubierta por bóveda de cañón apuntado. El ábside, en la cabecera del templo, es poligonal y se encuentra recorrido por una arquería ciega, con vanos abocinados y cubierta de horno nervada. Las capillas, mejor dicho, los arcosolios se abrieron entre los contrafuertes a partir del siglo XV.

En un recorrido que comenzamos desde la entrada oeste hacia el lado derecho del observador (parte de la Epístola) podemos contemplar:

1. Pila bautismal de una sola pieza. Posiblemente sea coetánea a la construcción de la iglesia y, por tanto, de estilo románico.

2. Capilla de la Virgen del Pilar. Guarda un retablo barroco (finales del siglo XVII y comienzos del XVIII) en cuyo centro se halla la imagen de Nª Sª la Virgen del Pilar. A los lados encontramos a San Francisco Javier y a San Antonio de Pádua. En lo alto del retablo, San Antonio Abad. La capilla fue costeada por el racionero Bernardino Mulsa.

3. Capilla del Santo Cristo. Se hizo ésta a expensas de la villa, como indica el escudo original de Ejea ubicado en el remate. El Cristo Crucificado se data en el año 1609. Destaca la imagen por la perfección en la talla y la crudeza del sufrimiento, manifestado, sobre todo, en el rostro de Jesús. El resto del retablo se completó a comienzos del siglo XVIII.

4. Capilla de San José. Puede contemplar un retablo barroco del año 1718, con la imagen de San José en el centro. Además, sobre el pequeño altar, vemos la cabeza de San Juan Bautista (barroco, siglo XVIII). También existe una diminuta pila bautismal románica.

5. Capilla de Santa Tecla y los Santos Médicos, San Cosme y San Damián. En ella encontrará un maravilloso retablo gótico tardío, datado entre finales del siglo XV y comienzo del XVI. Éste fue donado por la familia Alias, cuyo escudo puede contemplarse en el guardapolvo. El remate de la capilla es una bóveda de crucería.

Nos encontramos ya frente al retablo mayor. Es de estilo barroco (1699-1734), churrigueresco por el exceso de decoración. En el centro se halla la imagen de Santa María, una talla gótica del siglo XIV. Sobre ella se encuentra la figura de San Juan Bautista, el patrón más pretérito de Ejea. Y sobre el patrón, el escudo de nuestra villa, en este caso el del caballero. A ambos lados de la Virgen vemos a San José y a San Joaquín.

En el lado izquierdo del ábside podemos ver un relieve románico de finales del siglo XII. Se trata de una Anunciación que conserva todavía la policromía. Este relieve se encontró en la iglesia de San Salvador, colocándose después en esta iglesia de Santa María. Pudo pertenecer al claustro de San Salvador.

Siguiendo nuestro recorrido, continuamos por el lado izquierdo del observador (parte del Evangelio). Nos encontraremos con:

6.Capilla de la Coronación. Puede contemplar un magnífico retablo del primer renacimiento aragonés, fechado hacia 1521. Su autoría se ha atribuido a los pintores Martín Gracia y Antón Aniano. Recoge la siguiente iconografía: Anunciación, Nacimiento, Epifanía y Resurrección (en el banco); Nacimiento de la Virgen e Inmaculada Concepción (calle lateral izquierda); Coronación de la Virgen (calle central); episodios de Pentecostés y Dormición de la Virgen (calle lateral derecha). El retablo fue donado por la familia Bayetola, cuyo escudo podemos ver en el guardapolvo. En el techo de la capilla se descubrió una pintura mural de estilo gótico hispanoflamenco (siglo XV), en donde se representa un Árbol de Jessé.

7. Capilla de San Blas. El retablo que está observando es barroco y fue costeado por Catalina Palacios en 1772. Su iconografía corresponde a San Blas, San Benito, Santa Escolástica y San Antonio de Pádua. La capilla está rematada por una bóveda de crucería. En el muro lateral izquierdo existe una puerta que conduce al púlpito, una interesantísima pieza de estilo gótico-flamígero, de finales del siglo XV o principios del XVI. Sobre el púlpito existe un extraño calvario gótico que denota un efectismo tremendista. En la capilla está depositado un bello busto femenino en madera (renacimiento, siglo XVI).

8. Capilla de Santa Ana. Su retablo encierra pinturas del primer tercio del siglo XVIII dedicadas a Santa Ana, además de San Gregorio Nacianceno San Joaquín, San Agustín y Santo Tomás de Aquino. En el ángulo superior puede observar el escudo de armas del donante, Francisco Pérez de Luna. Justo en la entrada de la capilla existe en el remate una yesería gótico-flamígera. De la misma época son las pinturas murales que se conservan en la bóveda de la capilla.

Al llegar al lugar donde comenzamos nuestro recorrido, nos encontramos en el monumental coro. Su construcción es posterior a la de la fábrica de la iglesia, concretamente del siglo XV. La barandilla es de una exquisita yesería gótico-flamígera de finales del siglo XV o comienzos del XVI. Destacable es también el órgano, una pieza manierista de principios del siglo XVIII.

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