El relieve del municipio ejeano es característico del Valle Medio del Ebro. Se encuentra en una zona llana, de transición entre la Ribera del Ebro y el Prepirineo. Existen relieves peculiares, como las muelas calcáreas que dan lugar a la La Bardena, la estepa desértica de Sora o el monte prepirenáico de Farasdués o La Marcuera.